Sejarah berdirinya Terminal Petikemas Semarang tidak lepas dari sejarah Pelabuhan Tanjung Emas. Bentuk pengelolaan pelabuhan telah mengalami beberapa kali perubahan, mulai dari Perusahaan Negara (PN) Pelabuhan tahun 1960, Badan Pengusahaan Pelabuhan (BPP) tahun 1969, dan Perum Pelabuhan tahun 1983. Berdasarkan pembagiannya, Pelabuhan Semarang berada di bawah Perum Pelabuhan III yang berkantor pusat di Surabaya. Pada periode ini, dilaksanakan proyek pembangunan tahap I Pelabuhan Semarang dan diresmikan oleh Presiden Soeharto pada tanggal 23 November 1985 yang kemudian diberi nama Pelabuhan Tanjung Emas. Bentuk pengelolaan pelabuhan mengalami perubahan terakhir kali pada tahun 1992 dengan pembagian yang masih sama, yaitu PT. (Persero) Pelabuhan Indonesia I,II,III dan IV.

        Awalnya, kegiatan bongkar muat petikemas di Pelabuhan Tanjung Emas dilakukan secara konvensional yaitu menjadi satu kesatuan dengan bongkar muat barang umum (general cargo) yang berada di bawah kendali Divisi Usaha Terminal Cabang Pelabuhan Tanjung Emas. Setelah selesainya pembangunan tahap II tahun 1997, penanganan petikemas memasuki tahap pelayanan terminal sendiri yang dikendalikan Divisi Terminal Petikemas Cabang Pelabuhan Tanjung Emas (Divisi TPK).

        Sebagai langkah antisipasi terhadap pertumbuhan angkutan petikemas di Pelabuhan Tanjung Emas Semarang, yang secara nyata memerlukan pengelolaan yang lebih professional, manajemen Pelabuhan III melakukan pemekaran organisasi Pelabuhan III Cabang Tanjung Emas, menjadi 2 bagian yaitu pengelolaan Terminal Petikemas secara mandiri di bawah tanggung jawab General Manajer Terminal Petikemas Semarang dan pengelolaan pelabuhan di bawah tanggung jawab General Manajer Pelabuhan Tanjung Emas.

        Terminal Petikemas Semarang merupakan cabang yang berdiri sendiri terpisah dari Pelabuhan Tanjung Emas Semarang, sehingga semua urusan handling petikemas sepenuhnya dilakukan sendiri oleh manajemen Terminal Petikemas Semarang. Pada tanggal 1 Juli 2009 yang lalu, tepat sewindu Terminal Petikemas Semarang telah berdiri menjadi Terminal Petikemas yang sangat diminati para pelaku ekspor dan impor, khususnya di daerah Jawa Tengah dan DIY.